Operasi Penangkapan Presiden Fretilin Nicolau Lobato

Pada bulan Desember 1978, Kapten Prabowo memimpin pasukan Den 28 Kopassus yang ditugaskan untuk membunuh pendiri dan wakil ketua Fretilin, yang pada saat itu juga menjabat sebagai Perdana Menteri pertama Timor Leste, Nicolau dos Reis Lobato. Lobato tewas setelah tertembak di perut saat bertempur di lembah Mindelo, pada tanggal 31 Desember 1978. Karena prestasi ini, Prabowo mendapatkan kenaikan pangkat.