Kontroversi dan Dugaan Pelanggaran HAM

Pada tahun 1983, kala itu masih berpangkat Kapten, Prabowo diduga pernah mencoba melakukan upaya penculikan sejumlah petinggi militer, termasuk Jendral LB Moerdani^[5], namun upaya ini kabarnya digagalkan oleh Mayor Luhut Panjaitan, Komandan Den 81/Antiteror^[6]. Prabowo sendiri adalah wakil Luhut saat itu.
Pada tahun 1990-an, Prabowo diduga terkait dengan sejumlah kasus pelanggaran HAM di Timor Timur. Pada tahun 1995, ia diduga menggerakkan pasukan ilegal yang melancarkan aksi teror ke warga sipil^[7]. Peristiwa ini membuat Prabowo nyaris baku hantam dengan Komandan Korem Timor Timur saat itu, Kolonel Inf Kiki Syahnakri, di kantor Pangdam IX Udayana. Sejumlah lembaga internasional menuntut agar kasus ini dituntaskan^[8]. Menurut pakar hukum Adnan Buyung Nasution, kasus ini belum selesai secara hukum karena belum pernah diadakan pemeriksaan menurut hukum pidana^[9].
Pada tahun 1997, Prabowo diduga mendalangi penculikan dan penghilangan paksa terhadap sejumlah aktivis pro-Reformasi^[10]. Setidaknya 13 orang, termasuk seniman 'Teater Rakyat' Widji Thukul, aktivis Herman Hendrawan, dan Petrus Bima hilang dan belum ditemukan hingga sekarang. Mereka diyakini sudah meninggal.^[11]. Prabowo sendiri mengakui memerintahkan Tim Mawar untuk melakukan penculikan kepada sembilan orang aktivis, diantaranya Haryanto Taslam, Desmond J Mahesa dan Pius Lustrilanang.^[12]
Namun demikian, Prabowo belum diadili atas kasus tersebut walau sebagian anggota Tim Mawar sudah dijebloskan ke penjara. Sebagian korban dan keluarga korban penculikan 1998 juga belum memaafkan Prabowo dan masih terus melanjutkan upaya hukum. Sebagian berupaya menuntut keadilan dengan mengadakan aksi 'diam hitam kamisan', aksi demonstrasi diam di depan Istana Negara setiap hari Kamis^[13]. Sebagian lagi telah bergabung denga kepengurusan Partai Gerakan Indonesia Raya, bahkan duduk di DPR RI. Haryanto Taslam yang telah menjadi anggota Dewan Pembina Partai Gerindra, mengatakan "Prabowo sudah minta maaf pada saya. Dia juga mengajak saya bergabung untuk membangun negara ini. Saya adalah korban Prabowo dan Prabowo adalah korban politik saat itu. Dia juga korban. Prabowo hanya merupakan tentara yang mematuhi perintah atasannya. Ide penculikan bukan dari Prabowo. Rezim Orde Baru saat itu pun represif. Jika bukan Prabowo pasti orang lain yang akan diperintah untuk menculik."^[14]
Prabowo juga diduga mendalangi Kerusuhan Mei 1998 berdasar temuan Tim Gabungan Pencari Fakta.^[15][16]. Dugaan motifnya adalah untuk mendiskreditkan rivalnya Pangab Wiranto, untuk menyerang etnis minoritas, dan untuk mendapat simpati dan wewenang lebih dari Soeharto bila kelak ia mampu memadamkan kerusuhan ^[17].
Juga pada Mei 1998, menurut kesaksian Presiden Habibie dan purnawirawan Sintong Panjaitan^[18], Prabowo melakukan insubordinasi dan berupaya menggerakkan tentara ke Jakarta dan sekitar kediaman Habibie untuk kudeta. Karena insubordinasi tersebut ia diberhentikan dari posisinya sebagai Panglima Kostrad oleh Wiranto atas instruksi Habibie.
Masalah utama dari kesaksian Habibie ialah bahwa sebenarnya, pasukan-pasukan yang mengawal rumahnya adalah atas perintah Wiranto, bukan Prabowo. Pada briefing komando tanggal 14 Mei 1998, panglima ABRI mengarahkan Kopassus mengawal rumah-rumah presiden dan wakil presiden. Perintah-perintah ini diperkuat secara tertulis pada tanggal 17 Mei 1998 kepada komandan-komandan senior, termasuk Sjafrie Sjamsoeddin, Pangdam Jaya pada waktu itu.
Prabowo yakin ia bisa saja melancarkan kudeta pada hari-hari kerusuhan di bulan Mei itu. Tetapi yang penting baginya ia tidak melakukannya. “Keputusan memecat saya adalah sah,” katanya. “Saya tahu, banyak di antara prajurit saya akan melakukan apa yang saya perintahkan. Tetapi saya tidak mau mereka mati berjuang demi jabatan saya. Saya ingin menunjukkan bahwa saya menempatkan kebaikan bagi negeri saya dan rakyat di atas posisi saya sendiri. Saya adalah seorang prajurit yang setia. Setia kepada negara, setia kepada republik